Im Jahr 1933 übernahm Feodora Christ das reiche Erbe von Alexandra von Hornstein – das Fuggerschlösschen mit Inventar und anderen Vermögensteilen – und heiratete den Musiker und angehenden Dirigenten Hermann Hoenes. Hermann Hoenes (1900 – 1978) und seine Frau Feodora (1903 – 1983) bewohnten in den folgenden Jahrzehnten bis zu ihrem Tod Haus und Park.

Sie machten die Villa nach 1945, kaum bemerkt von außen, zu einer stillen Stätte der Musik und Kunst, zu einem Zentrum für einen bedeutenden, oft von weit her anreisenden Freundeskreis. Doch der Rückzug in das stille Tal der Rot war für den weltgewandten jungen Dirigenten Hoenes, dem eine bedeutende Karriere vorhergesagt wurde, mit einem hohen Preis erkauft: mit dem in der Zeit des Nationalsozialismus erzwungenen Verzicht auf seinen » idealen « Beruf des Dirigenten.

Hermann Hoenes besaß bereits Ende der zwanziger Jahre im deutschen Musikleben als Cellist und Mitglied bekannter Orchester und Quartette einen klangvollen Namen. Er wirkte von 1932 bis 1935 als Cellist und stellvertretender Dirigent im Reichssymphonie-Orchester. Noch das Entlassungsschreiben bestätigt die Qualifikation von Hoenes und seine Fähigkeit, große Orchester mit viel Erfolg, viel Geschick und musikalischem Verständnis zu dirigieren. Seine häufigen Konzerte im Rundfunk fanden aufmerksame Zuhörer. Orchester, die auch nur kurzzeitig unter seiner Stabführung gearbeitet hatten, drückten Hoenes ihre » unumschränkte Bewunderung – in musikalischer wie menschlicher Beziehung « aus.

Es entzog sich seinem Wissen, dass er auf direkte Weisung der Parteileitung in München seinen Abschied aus dem Reichssymphonie-Orchester nehmen musste. Freunde aus dem Musikleben setzten sich für ihn ein und er konnte auf Empfehlungen namhafter deutscher Dirigenten verweisen.

Die Zeit der Entlassung von Hermann Hoenes fiel zusammen mit der Verschärfung der Rassegesetzgebung im Dritten Reich. Er wurde als » jüdischer Kulturschänder « diffamiert. Hoenes selbst bezeichnete sich als » angeblichen Juden «. Er fiel nicht ausdrücklich unter die » Rassegesetze « von 1936, die sein Leben physisch bedroht und ihm keineswegs den Rückzug nach Rot ermöglicht hätten. Eventuell stammte er – die Quellen erlauben leider keine eindeutige Rekonstruktion – von jüdischen Vorfahren ab.

Die Kunstsammlung des Ehepaars Hoenes, das Anwesen mit Park einschließlich aller Vermögenswerte wurden von Feodora Hoenes in eine Museumsstiftung – die Hoenes-Stiftung – eingebracht. Aus dem Fuggerschlösschen wurde das Museum Villa Rot, das am 28. August 1992 seine Tätigkeit aufnehmen konnte. Die Sammlung Hoenes, die heute zum Bestand des Museums gehört, entstand in den 1930er bis 60er Jahren. Sie umfasst überwiegend Skulpturen, Porzellan und Kunsthandwerk aus Asien und Europa. Schon Ende der 1920er Jahre erwarb Hermann Hoenes erste ostasiatische Kunstwerke, zu einem Zeitpunkt als ein verengter Blickwinkel nur nationales Kunstschaffen gelten lassen wollte. Heute erweist sich die Idee des Sammlerpaares, eigene wie fremde Kulturen in ihrer gemeinsamen Aussage zu verstehen, als zeitgemäß – ihre Botschaft der kulturellen Toleranz als zukunftsweisend. Das Leitmotiv des Museums, Begegnungsort der Kulturen zu sein, entstand aus diesem Ansatz heraus.

Heute ist das Museum Villa Rot ein Ausstellungshaus für internationale zeitgenössische Kunst mit interkultureller Programmatik. Gezeigt werden Einzel- und Gruppenausstellungen, die sich mit den inhaltlichen und formalen Grenzbereichen von Kunst, Kultur und Gesellschaft auseinandersetzen. Ziel ist es, aktuelle Positionen und Tendenzen der Gegenwartskunst einer breiten Öffentlichkeit zu präsentieren und das Museum Villa Rot als einen Ort kultureller Identität erlebbar zu machen. Einen besonderen Schwerpunkt bildet deshalb das umfassende Rahmen- und Vermittlungsprogramm speziell für Familien, Kinder und Jugendliche.

Im Jahre 2014 hat das Museum Villa Rot einen Anbau erhalten, der sich ideal in die Parklandschaft einfügt, neue Perspektiven eröffnet und die Ausstellungsfläche deutlich erweitert. Die Realisierung der neuen Kunsthalle wurde durch die zweckgebundene Zustiftung des Künstlers Willi Siber möglich. Als Gegenpol zu den intimen Kabinetträumen des historischen Bestandsgebäudes bietet der vom Böblinger Architekturbüro Hinrichsmeier & Bertsch entworfene Erweiterungsbau Platz für raumgreifende Skulpturen, Plastiken und Installationen.

Neben den Ausstellungen realisiert das Museum Villa Rot eine exklusive Konzertreihe. Der nach dem Cellisten, Dirigenten und Stifter Herrmann Hoenes benannte Kammermusiksaal der Villa Rot bietet den idealen Rahmen für ein intensives und einzigartiges Musikerlebnis mit jungen, vielversprechenden und international renommierten Interpreten und Ensembles.